1.共聚焦图像采集：对冰冻/石蜡切片、爬片细胞、等带荧光的材料样品以及诸如斑马鱼、线虫、拟南芥等模式动物样品进行多色荧光图像采集以及三维图像采集和重构。同时，Airyscan实现超分辨率成像，对亚细胞精细结构、细胞器等进行多色荧光拍摄。

2.光谱扫描和光谱拆分：采用VSD线性分光方式，2个通道同时进行可见光谱的图像（420-640 nm)采集，达到1nm光谱分辨率。并通过ZEN软件内置的线性拆分功能（Linear Unmixing），快速将样品中自发荧光和荧光染料波谱交叉产生的串色荧光去除，得到更真实的荧光信号。

3.钙离子成像：可以直接使用单波长钙离子染料和双波长激发染料直接成像或进行比例法成像，采集快速变化的钙信号动态影像，并进行定量分析。

4.FRAP（荧光漂白后恢复）实验：通过对活细胞荧光恢复全过程进行图像采集和量化，研究细胞膜流动性、胞间通讯、胞浆及细胞器内小分子物质转移性的观测、细胞骨架构成、核膜结构及大分子组装等。

5.FRET（Forster Resonance Energy Transfer）实验：配备FRET专业模块，具有多种FRET实验方法，用于对生物大分子之间相互作用定性、定量检测。主要应用于蛋白质亚基、DNA等分子内结构构象变化、离子浓度测量（通过构建FRET蛋白测量Ca2+, PH, cAMP等）、分子间作用距离测量等领域。

6.Zen软件能够实现荧光定量分析，荧光共定位分析等常用分析功能。

7.双光子成像：使用红外飞秒脉冲激光器和外置GaAsP检测器或Airyscan检测单元，对普通共聚焦成像难以穿透的较厚动植物样品的内部荧光进行二维、三维或时间序列动态成像，可以对活体组织或活体动物进行深层成像。