1.药理、毒理以及发育生物学：模式生物如斑马鱼、果蝇、拟南芥等样品的整个活体或部分组织/器官在不同药物或病毒处理后的长时间观察，或者对于胚胎的发育过程，对整体样本在活体状态下细胞级别的连续变化进行观察。相对于传统显微镜来讲，光毒性至少降低10倍以上，其专业的活体培养系统（控制温度和CO2浓度）又可以保证样品的存活时间。

2.神经生物学：系统可对透明化样品如小鼠脑等结构进行神经网络成像，光毒性低，成像范围大，并且可得到三维观察效果。相对于其他系统，成像速度快，整个样品的成像时间从几天缩短到了几个小时。三维成像便捷准确。

3.细胞生物学：可以对3D培养的细胞团进行三维观察和多角度观察，并结合适宜的细胞培养条件进行长时间成像，相对于其他系统，光毒性低，三维分辨率高。

4.植物学：系统独特的样品制备方法，保证植物的逆重力生长。能够以亚细胞分辨能力进行植物成像，并可连续观察其变化。

5.海洋生物学 在三维成像及活体成像等方面都有较好的应用。